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    NCBI GenBank數據庫的起源、功能和常遇問題及解答
    2015-8-18
    來源:互聯網
    點擊數: 9206          作者:未知
    • GenBank數據庫功能為:

      一、提交獲取的基因序列;

      二、查找已知基因的序列生物學特性信息,例如編碼區,科學命名等。

      那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢?

      genBank數據庫起源

      GenBank數據庫是1982年由美國國立生物技術信息中心(NCBI)建立并維護的綜合性序列數據庫。大約每2個月會更新一次版本,截止到2004年9月最新的版本是Release143,共有37,343,937 條序列紀錄,大約包含了來源于約140,000個物種的41,808,045,653個堿基。所有數據記錄被劃分在若干個文件里,如細菌類、病毒類、靈長類、嚙齒類,以及 EST 數據、基因組測序數據、大規?;蚪M序列數據等 16 類,其中 EST 數據等又被各自分成若干個文件。它的數據直接來源于測序工作者提交的序列;由測序中心提交的大量EST序列和其它測序數據;以及與其它數據機構協作交換數據。Genbank每天都會與歐洲分子生物學實驗室(EMBL)的數據庫,和日本的DNA數據庫(DDBJ)交換數據,使這三個數據庫的數據同步。

      GenBank數據庫功能

      實驗工作人員使用GenBank的功能之一就是通過GenBank提供的2個軟件工具把本實驗的研究序列提交到數據庫中從而獲取序列號,這樣發表文獻時便于引用,成為學術界承認的實驗工作樣品,從而其他人可以重復實驗,現在權威的刊物都需要提供序列的存儲編號。這2個工具的地址在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/

      BankIt是一系列表單,包括聯絡信息、發布要求、引用參考信息、序列來源信息、以及序列本身的信息等。用戶提交序列后,會從電子郵件收到自動生成的數據條目,GenBank的新序列編號,以及完成注釋后的完整的數據記錄。用戶還可以在BankIt頁面下修改已經發布序列的信息。BankIt適合于獨立測序工作者提交少量序列,而不適合大量序列的提交,也不適合提交很長的序列,EST序列和GSS序列也不用BankIt提交。BankIt使用說明和對序列的要求可詳見其主頁面。

      大量的序列提交可以由Sequin程序完成。Sequin程序能方便的編輯和處理復雜注釋,并包含一系列內建的檢查函數來提高序列的質量保證。它還被設計用于提交來自系統進化、種群和突變研究的序列,可以加入比對的數據。Sequin除了用于編輯和修改序列數據記錄,還可以用于序列的分析,任何以FASTA或ASN.1格式序列為輸入數據的序列分析程序都可以整合到Sequin程序下。在不同操作系統下運行的Sequin程序都可以在ftp://ncbi.nlm.nih.gov/sequin/ 下找到,Sequin的使用說明可詳見其網頁。

      使用GenBank的重要的功能之二是按照實驗的要求查詢序列信息以及相關的研究文獻。通過GenBank數據庫數據記錄包含了找到序列的簡要描述,它的科學命名,物種分類名稱,參考文獻,序列特征表,以及序列本身。序列特征表里包含對序列生物學特征注釋如:編碼區、轉錄單元、重復區域、突變位點或修飾位點等。

      GenBank數據庫常見問題與解答:

      1、什么是Genebank ID?從什么網址檢索基因庫?

      Genebank ID 就是genbank中基因的序列編號,你可以在www.NCBI.NLM.NIH.GOV中檢索你感興趣的基因,你可以了解相關的基因序列以及簡單的功能描述,你也可以根據基因名稱查找相關的文獻。

      2、Gene cluster ID 是什么?

      Gene cluster ID 是指特定基因的編號,由于每一個基因在GENBANK中可能會登記多個序列(包括EST,各種不同長度的基因片段),Gene cluster就是將所有這些屬于同一個基因來源的片段歸類在一起,給出一個統一的基因編號,因此一個實際上就代表了某一個特定的基因。根據這個編號可以在GENEBANK中找到一個特定的基因。

      3、過什么途徑查到基因的簡單功能。

      我看到許多文獻上不同的名稱,如,Gene ID ,Genbank ID,下面是我檢索的一個頁面,您看時這樣的嗎?它的功能描述在哪里?

      如果你要查找基因的簡單功能有兩種選擇,第一利用Gene ID 或 Genbank ID或基因名稱選擇NUCLEOTIDE進入你現在看到的頁面,在右上角的LINK下你可以選擇LOCUS LINK一項,你就可以進入相關的基因頁面(見附錄網頁);或者直接用在首頁輸入基因名稱,選擇UNIGENE或LOCUS LINK項,你可以直接進入LOCUS網頁,然后點擊LOCUS LINK就可以進入你想要的基因的網頁,簡單的功能描述在這些網頁你都可以看到。

      GenBank也可以和其他的序列分析軟件結合使用,從而對基因序列進行比對分析。提交序列的時候只要將序列用sequin 編輯好即可以郵件形式發送給GENEBANK提供的郵箱即可。

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